曾元琦教授現任國立清華大學 AIMS Fellows 智慧製造跨院高階主管碩士在職學位學程專任教師，並擔任創新設計學程召集人，以及清華學院學士班創新設計組招生委員會召集人。
他的研究奠基於人本人工智慧（Human-Centered Artificial Intelligence, HCAI），結合設計、資訊科學、心理學與人工智慧等跨領域觀點，探討人工智慧如何在真實世界中支持人的理解、判斷、協作、能動性與負責任行動。近年特別關注 Agentic AI、AI agents、多代理協作（multi-agent collaboration）、Negotiable AI、Controllable AI，以及人機之間的角色協商、責任分配與適當依賴。
其研究強調，當人工智慧逐漸從被動工具轉變為具有主動性與協作能力的行動者時，人仍應保有理解、介入、監督、修正與最終判斷的能力。因此，他關注的不只是 AI 能完成多少工作，更重視如何設計可理解、可協商、可控制且可負責任協作的人工智慧系統。
相關研究與實務場域涵蓋數位健康、醫療照護、教育、團隊與組織協作，以及智慧製造，並延伸至專業工作流程、跨角色協調、共同決策、派工與交接及高責任任務。其目標是讓 AI 不只是自動化工具，而能成為支持人類專業實踐、團隊協作與集體智慧的合作夥伴。